أولًا: نسخ المخطوط والمقابلة 
1- نسخ نسخة الأصل حسب قواعد الخط والإملاء الحديثة، بعد قراءة دقيقة ومتأنية.
2- مقابلة النسخة الأصل بالنسخ الأخرى مقابلة دقيقة، وإثبات أهم الفروق تحاشيًا لإثقال الحواشي بما لا فائدة فيه.
3- إذا اقتضى الأمر إثبات شيء من النسخ الأخرى في المتن أثبتناه ، ونبهنا على ذلك في الهامش.
4- ذكر التعليقات والحواشي الموجودة على هوامش النسخ الأخرى إن وجدت.
5- وضعنا الآيات القرآنية بين قوسين مزركشين هكذا ﴿ ﴾، مع عزوها إلى أماكنها من القرآن الكريم، بذكر اسم السورة ورقم الآية.
6- ترقيم الروايات المسندة الواردة سواءً كانت حديثًا أو أثرًا، أو قراءة، أو بيتًا من الشعر. 
7- وضع رقم الآية المفسرة عند بداية تفسيرها.

ثانيًا: تخريج الأحاديث والآثار
1- تخريج الأحاديث تخريجًا موسعًا، متبعين ما يأتي: ذكر من أخرجه عن المصنف، أو من طريقه، ثم من تابع المصنف، ثم من تابع شيوخه، وهكذا، ونقدم في ترتيب مصادر التخريج: البخاري، ثم مسلمًا، ثم أصحاب السنن الأربعة، والدارمي، ثم الإمام أحمد، ثم البقية على الترتيب الزمني للمصنفين.
2- إن كان الحديث في الصحيحين اكتفينا بعزوه إلى الكتب الستة بذكر اسم الكتاب والباب والجزء والصفحة والرقم إن وجد، وإن لم يكن فيهما توسعنا في تخريجه مستشهدين بأقوال العلماء في رده أو قبوله.
3- في المتابعات والشواهد لا نذكر –غالبًا- الاختلاف في ألفاظ الحديث، ونعبر بدلًا عن ذلك بقول: بمثله، أو بنحوه، أو بمعناه.

ثالثًا: دراسة الأسانيد
1- ترجمة رجال الأسانيد ترجمة موسعة، وقد اتبعنا فيها ما يلي:
- ذكر اسمه كاملًا، ونسبه، وكنيته، وبلده، ووفاته، والخلاف فيها إن وجد، مع ذكر طبقته إن لم تعرف سنة وفاته. 
- إن كان الرجل متفقًا على توثيقه أو تضعيفه، نكتفي بحكم الحافظ ابن حجر في ((التقريب)) مع الإشارة إلى بعض مصادر ترجمته المطولة، وإن كان مختلفًا فيه؛ نحاول ذكر جميع ما قيل فيه إن كانت الأقوال قليلة، أو نختار أهم الأقوال إن كانت كثيرة، ونبدأ بذكر أقوال المعدلين، ثم أقوال المجرحين، ثم نختم بذكر قول الذهبي –إن وجد- ثم قول الحافظ في ((التقريب)) . ونعتمد قول الحافظ ثم الذهبي ثم باقي علماء الجرح والتعديل.
وإن اختلفت فيه الأقوال ولم نتمكن من الترجيح نقول: مختلف فيه. وإن لم نجد له ترجمة نقول: لم أجده، وإن اشتبه علينا الاسم ولم نتمكن من تحديده نقول: لم يتبين لي من هو.
وننبه أنه بسبب تدليس المصنف في الأسماء كان يصعب علينا التمييز بينها فكان مرة يذكر الراوي منسوبًا لجده أو لجد جده، أو بالكنية فقط، ابتداءً من أسماء شيوخه إلى من دون الصحابي، علمًا بأنه من الممكن أن نجد في الطبقة الواحدة أكثر من راوٍ بنفس الاسم.
وأحيانًا يذكر المصنف الراوي في موضع باسم مختصر، ثم يذكر الاسم كاملًا في موضع آخر.
- ذكر اسم الرجل فقط إذا تكرر مع ذكر القول الراجح فيه من حيث الجرح والتعديل.
2- ترجمة الأعلام المذكورة غير رجال الأسانيد في الموضع الأول الذي وردوا فيه؛ مبرزين بعض مناقبهم وفضائلهم.
3- الحكم على أسانيد المصنف بناء على قواعد مصطلح الحديث بالصحة، أو الحسن، أو الضعف، أو الوضع؛ إلا إن كان في الإسناد رجلًا لم أظفر له بترجمة، أو لم أجد فيه جرحًا ولا تعديلًا، فإنا لا نحكم على الإسناد خشية أن يكون كذابًا، أو متروكًا، ونقول عوضًا عن ذلك: في إسناده فلان لم نجد له ترجمة، أو لم نجد فيه جرحًا ولا تعديلًا.
وننبه هنا أن الحكم على الإسناد بالصحة أو الرد لا يعني صحة الحديث أو ضعفه، فهناك أحاديث صحيحة حكمنا عليها بالضعف لضعف إسناد المصنف، وأحيانًا نشير إلى وجود طرق أخرى صحيحة للحديث غير طريق المصنف وفي الغالب نترك ذلك إلى تخريج الحديث.
فلينتبه القارئ لذلك، خاصة عند ذكر الإسرائيليات قد تجد محكوم على الإسناد بالصحة فلا يغرنك ذلك.
4- المعلقات التي يذكرها المصنف من ثلاثة رواه أو أكثر تعاملنا معها بنفس طريقة الأحاديث المسندة، غير أنها لم تدخل في الترقيم التسلسلي.
أخيرًا: قد أفردنا مجلدًا كبيرًا للأعلام المترجم لهم في كل الكتاب مرتبين ترتيبًا أبجديًا.

رابعًا: الجانب الفقهي
- عزو الأقوال الفقهية لأصاحبها مع دراسة مختصرة عن المسألة - في الغالب- وذكر الاختلاف فيها إن وجد.

خامسًا: اللغة 
1- توثيق القراءات –وخاصة الشاذة منها- من مظانها من كتب القراءات؛ فإن لم نجدها فيها فمن كتب التفسير التي تُعنى بجمع القراءات.
2- تخريج الأبيات الشعرية، وعزوها إلى قائليها، مع بيان  الفروق بين رواية المصنف ورواية غيره.
3- شرح الألفاظ الغريبة.
4- التعريف بالأماكن، والقبائل، والبلدان بإيجاز.
5- ضبط المشكل من الأعلام أو الألفاظ.

منهج التنسيق والمراجعة
- توحيد منهج التخريج والحكم على الإسناد على النحو المشار إليه في منهج التحقيق.
- حذف التراجم المكررة والاكتفاء بالترجمة في أول موضع يذكر فيه صاحب الترجمة، والاكتفاء عند تكراره بذكر اسمه ومرتبته من حيث الجرح والتعديل. 
مع إصلاح ما قد يوجد من أخطاء في رجال الأسانيد ، وبخاصة وأن الثعلبي يبهم في الأسماء ويدلس كثيرا جدًا، وتمت مراجعتها كلها والحمد لله، على قدر المستطاع.
- ترقيم الأحاديث والآثار المسندة في الكتاب كله.
- توحيد المصادر والمراجع المستخدمة في تحقيق الكتاب، ومرفق بها ثبت في نهاية الكتاب مع الفهارس.
- أما بالنسبة لرموز المخطوطات فقد وحدناها في معظم الكتاب ولم يتيسر فِعل ذلك في العموم؛ لاختلاف اختيارات الباحث للنسخة الأصل وبعض الأسباب الفنية، لكننا وضحنا رموز كل محقق عند الكلام على النسخ الخطية.
- أما النواحي الفنية فكانت أبرز ما فيها:
نسخ جميع الآيات القرآنية وفق رسم المصحف.
ترقيم الآيات على يمين الصفحة بشكل مميز، مع وضع اسم السورة في أعلا الصفحات الفردية، ورقم الجزء من القرآن أعلا الصفحات الزوجية.
تمييز الآيات المفسرة فقط بلون أقرب إلى الأحمر.
وكذلك تمييز الأحاديث القولية المرفوعة مع وضعها بين أقواس ((  )).
تمييز بعض العناوين الفرعية بالأسود الغامق.
أما في الحاشية:
فتم تمييز كلمات (الحكم على الإسناد) و(التخريج) باللون الأحمر.
تمييز الأعلام المترجم لهم بالأسود الغامق، وتمييز الكلمات المشروحة بالأسود الغامق.